沈梦圆的博客 怕什么真理无穷, 进一寸有一寸的欢喜。

【总结】我的生信学习总结反思


回顾学习之路,及时查漏补缺; 多向有经验的前辈学习,合理规划多做思考,多总结; 不要闭门造车,埋头死学,多交流,多看文献,多分享。

我会什么?是什么水平?

  • Linux系统操作

2015年的时候看过一遍《鸟哥Linux私房菜》和今年看过几集的鸟哥Linux基础课程视频,加上这接近一年来的捣鼓,到目前为止基本的操作都会了;

  • R语言

去年买了两本书,花了一两个月时间入门,后来没怎么接触了。上个月,继续学习看了几章《R语言实战》,这本书比我之前看得那两本书好,可能去年看书走马观花,没有做笔记的原因;后面学习过如何韦恩图,火山图一些简单的图。

  • Perl语言

去年暑假一个半月时间,看完了小骆驼,大骆驼虽然打印了但没有继续去看了。今年年后回来也完成了李琪师兄布置的十道perl编程练习题,学习过几个bioperl里面的几个包。这三四个月来,硬是没有碰perl,只是前几个星期看了看一行perl代码,现在回去看看也生疏了;

  • 生物信息分析部分软件的安装与使用: 学习过blast+/Trimmomatic/FastQC/bowtie2/bwa/Glimmer3/circos。接触的软件不多,通过学习这几个软件应该算是会顺利安装软件了。

  • 数据格式

基础数据格式(fastq,fasta,sam,bam,vcf,gff,gtf,bed,MAF……)我专门花时间学习过fastq/fasta/sam/bam/vcf/bed/gff/gtf这几个格式,其他的格式暂时没有接触过。

  • 数据库

基础数据库(NCBI,ENSEMBL,UCSC,CGHub);高级数库(TCGA,CCLE,GTEx,IMGT,TIGR,ICGC,GWAS,COSMIC,ExAC,1000genome,hapmap,ENCODE,OMIN,uniprot,proteinatlas)(HPO,MGI,DO,GeneSigDB,MSigDB,Gene2MeS)(GEO,SRA,GoNL)功能数据库(KEGG,GO,Reactome,BioCarta,DrugBank,dbSNP,dbGAP,dbNSFP,pFAM,SMART)蛋白质相互作用数据库PPI(BIND,STRING,DIP,MINT,HPRO,bioGRID)Expression Project for Oncology (expO) database上面的这些数据库,我就知道几个,知道KEGG和GO,去NCBI的SRA,DDBJ以及蓝藻数据库cyanobase上下载过基因组数据。其他数据库都没有使用过。

  • 生物信息学知识的学习

在本科的时候看过北京大学的一门MOOC公开课,四月份看过一个宾夕法尼亚大学的生信课程,去一家公司上了两天的转录组分析课程,近日来看了些转录组和高通量测序方面的综述。

  • 生物基础知识

这方面知识在本科期间考完试以后,统统还给老师了,后来一直没有系统再学习过了。虽然研究生开了分子遗传学这门课,很多听不懂啊!

我有什么欠缺的?

Linux那块,一些wget/curl这些不怎么常用的命令,比较重要的命令,我没有深入学习做学习笔记,到用的时候就又要去查。在学习过程中,虽然有时候会做学习笔记。但是不会去总结反思一下。近来觉得以前学得东西都忘光了,导致自信心备受打击。有一段时间,准备拿转录组数据进行分析作为练手项目,但是总是挑不好数据,文章去做。之前,李琪师兄哦那个让我拿去年的甲基化数据作为实战练手,我只是简单得跑了个数据过滤和比对到基因组的流程,因为师兄已经分析过了并且没有啥好的结果,所以后续工作就没有做了。缺少项目实践!! 缺少及时反思和总结!!

我接下来要怎么做?如何去进步?

  • 1 整理之前的学习摘记,反思总结,写成有自己思考的学习笔记。

  • 2 借着分子遗传学要进行期末考试,好好学习一下生物基础知识。

  • 3 参照健明师兄分享的博客指导进行查漏补缺,并且在学习的同时需要开始可行的实战项目。

【1】生信分析人员如何系统入门linux

【2】生信分析人员如何系统入门perl?

【3】生信分析人员数据处理脚本实战


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