沈梦圆的博客 怕什么真理无穷, 进一寸有一寸的欢喜。

师兄和他的生信故事

2016-09-03

跟健明师兄认识是通过他的博客—生信菜鸟团,被他无私分享的精神而感染。在后面的接触过程中得知是自己的校友,不免就多了几分亲切感。下面是 昨天已经进阶成生信大神的师兄在群里分享了他和生信之间的几个小故事,满满的正能量。我读完以后非常感动,同时也备受鼓舞,得到师兄的许可 ,在这里也分享给大家。

第一个故事—初识

我本身是生物技术专业出身,只读了个本科,大学前三年都是各种生物基础知识背诵考试,没有任何乐趣可言。我也进过实验室,三个多月一个酵母 都没有转化好。后来保研的时候去了厦门大学的细胞协同创新中心,那边全是做信号转导相关研究的。导师带我们参观实验室的时候,满眼都是各种 高大上的仪器,我却丝毫提不起兴趣。而且老师们好像给学生的自由度很低,我就干脆放弃保研了,直接去了北京实习。生物专业的本科生想找一个 体面的实习,其实是非常难的,而且我并不想做那种枯燥的实验。

那时候只知道智联招聘、前程无忧这样的网站,也说不清楚是为什么,就投了个生信工程师的职位。那时候的我甚至都不知道什么是生信工程师,只 看到上面写着要求生物专业,会linux,基础编程即可,而且不需要做实验。我自学过C语言,李博士是QQ面试我,问了个C语言的问题,我搜索了答 案给他,就算过了。

后来到了水产科学研究院,李博士发现我所谓的会linux,就是自己用U盘安装了个ubuntu的Linux系统,还是界面版本的,并不是会awk,grep,sed, cut等命令。但我只是实习生,所以他也没说什么,还是给了我这个机会。

接下来,我拿着他们的shell基础命令教程,敲了两天代码就开始做一些简单的数据格式转换,列提取的小任务了。但是面临较复杂的数据处理任务 ,我就hold不住了。因为我学过C,所以想用C写,结果写了两百多行代码,用到了C语言的链表的操作,包括创建链表、删除打印插入,最后还是没 解决。后来带我的师兄看不下去了,说让我还是学perl吧,一行代码就能搞定的事情。我就借了他们的perl小骆驼,看了基础语法,因为有编程基础 ,看perl是非常方便的, 尤其是我看懂了hash之后,甚至一度以为自己已经是编程高手了。因为不到10天,我就可以完成几乎所有的数据转换操作 了。因为所里正承担了几种鱼类的基因组项目,所以各种小任务特别多,我的能力也得到了显著提升,学会了好些个软件用法,了解了不少数据格式 ,数据ID,还知道了常见的资源下载数据库。

第一个故事说明了,我们离开大学校园后得到的第一个培养很重要,不管是以研究生的身份或者也工作的身份,都必须是可以学到东西的。所以能 学到东西的前提是去了一个适合你发展的地方,或者是自己的适应能力非常强也行。


第二个故事—痛苦地成长

在水科院的半年里,是我生信技能从无到有的过程。正式毕业后面临着学校要把我们户口丢出来的难题,而正好深圳落户是最简单的,我就选择了去 深圳工作。接下来就要谈大家最关心的工资的问题了,我那个时候还是通过智联招聘这样的网站来找工作,更新了一下简历,就非常多的电话打过来 。是2014年,那时候像我那种生信才入门6个月的生物本科小菜鸟,找工作是完全没问题的,薪水大概是4K~6K,依城市而定。学历肯定对薪水起决定 性的作用,这个毋容置疑。

刚到深圳小公司,才发现自己犯了一个非常大的错误—孤军奋战。在生物信息这个日新月异的领域,我这样的选择,几乎等于自毁前程。当老师接了 一个老鼠的转录组项目,我只能去百度文库下载一个转录组结题模板,然后可怜巴巴地拿生信知识来反向解析每个模块的分析内容是什么,需要用什 么软件,得到什么样的结果。越做越烦,因为真的是什么都不懂,饱和度分析是什么,差异分析原理是什么,GO和KEGG是什么我都不知道,更别提富 集分析,网络分析了。而且我只是在水科院实习了半年而已,人脉也少的可怜,打电话问以前的师兄师姐甚至惹得他们不快。

不过也说不好,这样的经历对我的人生是正确还是错误,因为正是因为这样的压力,我通过自己的努力有模有样的完成了一个转录组结题报告,甚至 很多分析结果我自己都不懂,但是也做出来了。也正是因为自己的这段悲催经历,引发了我要做一个博客来分享自己的学习笔记的想法,也就是你们 现在看到的生信菜鸟团博客。起初博客只是分享了我自学转录组的笔记,但后来有人跟我交流其它问题。我就想,是不是应该把生信的所有领域都自 学一遍了,毕竟本质都是数据处理,多学一点总是不会错的。所以我的博客的领域就越来越多,自己的知识面也越来越宽。当然能力越强,要求也就 越多,在小公司可以直接跟老板谈薪水,涨了三次,最后终于谈崩了,我就跳到了上海一家巨型公司,想着应该是完全不一样的体验吧。

第二个故事说明了,即使做了一个看起来非常错的决定,也未必会失败。只要还有一个奋斗的心,只要还是在努力。同样的,也是是想表达分享 对一个人的进步的帮助是非常大的。因为我搭建了博客,有了追随者,我就无法做到半途而废,也不想泯然与众,促使我不断的学习新的东西,分享 新的东西。


第三个故事—大神已养成

最后一个故事,讲的是我在上海一家巨型公司的经历了。虽然是外企,但团队成员都是中国人,所以面试的时候我的博客起了非常大的作用,比较好 得展示了我的能力,也获得了团队成员的信任。

其实在工作中,我能学到的知识已经很有限了,毕竟我不再是当初那个什么都不懂的菜鸟。但是大公司有一个好处,就是你认识的人,能接触到的资 源的确是非常赞的,你有机会亲眼目睹一个非常完备的数据处理流程是如何实现的, 有机会参与讨论设计一些辅助生物学家探索数据的工具,有机 会使用非常多的收费软件,甚至不需要翻墙,也不用担心文献下载的问题。纯英文的邮件沟通至少逼着自己把学了十几年的英语用起来了,跟总部团 队的国外技术大牛沟通。还有是公司经常邀请知名学者演讲,也拓宽了我的眼界。

但同时也让我明白了职业发展的确是有瓶颈的,如果你学历不高,技术练得再好,在大公司,那也只能是技术人员,而且技术的好坏,是时间和努力 程度可以弥补的。还有一个比较有趣的现象,如果你的技术好到了一定程度,而且薪水待遇也很理想了,你还有进步的动力和欲望吗?习惯了解决问 题,很难去转换思维来提出问题,甚至去研究本质的东西,因为太枯燥。但这些东西又必须沉下心花时间去做,才能突破职业瓶颈,所以我选择了去 攻读PHD学位,而不是去创业什么的。


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