- YJBM：如何组装宏基因组？(综述)
- Cell：现有宏基因组数据可比性差！怎么办？
- mBio：如何对微生物基因组进行功能注释？
- Gene：一种鉴定菌群核心分类群的新方法
- mBio：微生物问题，更多是生物学而不是统计学问题
- mBio：地球上的微生物，可能终究只有几百万种
- mBio：短读长16S测序不靠谱，别高估微生物种类
- mBio：6大招，助力生命科学研究质量提升
- Nature子刊：不培养微生物，如何观察它们的生长过程？
- TM：微生物到底是如何入侵新环境的？(综述)
- TM：如何对微生物分类才靠谱？(综述)
- PNAS：不同文库制备方法对微生物组测序影响巨大
- Nature：迄今为止最全的“全球海洋病毒组”数据集
- Science：30000种海洋微生物的功能和分类
- Science：全球海洋微生物组（综述）
- TM：研究肠道微生物组，都有哪些新兴技术？(必读综述)
- Nature子刊：微生物组分析的过去、现在和未来
- YJBM：微生物组特刊序言
- YJBM：已知可分类的人体病毒组（综述）
- Scientific Reports：宏基因组分析工具的性能点评（综述）
好吧，其实我的endnote里收集了将近500篇的文献，我还没看呢，今天又收集了一大堆，准备下个月慢慢看。看文献就像吃饭一样，只能靠自己，别人帮不了的~~我的文献关键词大概是：环境生态、宏基因组、海洋微生物、病毒…..
YJBM：如何组装宏基因组？(综述)
原标题：宏基因组组装：简介、挑战与应用
① 测序技术的飞速发展，使在人体及环境微生物组相关研究中，高通量测序的应用越来越多；② 对于测序数据分析，最关键的是通过序列组装算法，从复杂的混合序列信息中重建出基因及生物体；③ 宏基因组组装由于宏基因组数据的特点，涉及到许多算法上的挑战；④ 本综述关注主要的基因组及宏基因组组装算法，并讨论该领域中的全新挑战与机会，以及宏基因组组装的应用。
Title：Metagenomic Assembly: Overview, Challenges and Applications
DOI：10.110/wrong.161017.001
Pasted from:http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1049963264?kf=detail_daily
Cell：现有宏基因组数据可比性差！怎么办？
原标题：迈向准确和定量的比较宏基因组学
① 宏基因组鸟枪测序和计算分析被广泛应用于菌群分类和功能研究，但各个样本和研究之间的数据缺乏可比性；② 可比性目前受限于缺乏含有效菌群分析参数的统计工具，以及实验和数据处理中的人为偏差；③ 通过对实验设计、数据存取、元数据标准化和分析工具的改善，我们可以获得更准确并有可比性的宏基因组数据；④ 作者预计未来微生物的研究会变得更具重复性，且产生新的宏基因组也会因为已存在的大量数据而变得更简单。
Title：Toward Accurate and Quantitative Comparative Metagenomics
DOI：10.1016/j.cell.2016.08.007
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1062252324?kf=web.search
mBio：如何对微生物基因组进行功能注释？
原标题：下代测序对微生物基因组的高通量功能注释
① 美国国家变态反应与传染病研究所（NIAID）通过打造功能基因组中心，专注于开发高通量方法以定义基因功能；② 这些中心需要领域内同行的合作，以产生并整合各种各样的数据，最终达到理解微生物致病机理的目的；③ 高通量功能基因组可帮助我们开发新疗法，并通过预测新的致病机制来预防新病原体的出现。
Title：Next-Generation High-Throughput Functional Annotation of Microbial Genomes
DOI：10.1128/mBio.01245-16
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1037380360?kf=detail_daily
Gene：一种鉴定菌群核心分类群的新方法
原标题：PhyloCore：一种用于鉴定微生物群落中核心分类群的系统发生学方法
① 鉴定核心群落是了解微生物群落中重要组分的一个关键步骤；② 需要一个在物种水平上鉴定核心分类群的软件；③ 本文开发了一个名为PhyloCore的新应用，利用基于系统发生学的算法在适当的分类学水平鉴定核心分类群；④ 利用多重肠道菌群作为测试案例，证明了PhyloCore的强大功能。
Title：PhyloCore: A phylogenetic approach to identifying core taxa in microbial communities
DOI：10.1016/j.gene.2016.08.032
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1041551276?kf=detail_daily
mBio：微生物问题，更多是生物学而不是统计学问题
原标题：改善微生物学研究：问题更多地存在于生物学方面而非统计学上
① Casadevall等人推荐了改善微生物学研究的6个途径；② 本文作者对原文进行了评论，并表示其并不认同原文的说法；③ 作者认为，许多实验设计中，对生物学意义的理解很差，这导致了对研究课题的错误理解及对实验结果的过度解读；④ 而现代生物科学的本科教育忽视了动物科学的重要性；⑤ 并且PhD训练并非训练出了合适的未来雇员，反而使科学研究者追求轰动效应（例如追求高影响因子）的竞争文化。
Title：Improving Microbiology Research: the Problems Are Less Statistical and More Biological
DOI：10.1128/mBio.01634-16
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1054157736?kf=detail_daily
mBio：地球上的微生物，可能终究只有几百万种
原标题：终究，只有几百万？
① 最新研究再次表明，尽管测序工作仍在增加，对16S rRNA基因的探索却已接近饱和；② 平均下来，现今我们分析的基因中，有95%都已经存在数据库中；③ 对细菌和古细菌进行群落稀疏性分析表明，近三分之一的多样性已经被发现；④ 尽管有人估计地球上有1000亿种微生物，但要考虑实际上可能只有数百万种。
Title：After All, Only Millions?
DOI：10.1128/mBio.00999-16
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1075096364?kf=detail_daily
mBio：短读长16S测序不靠谱，别高估微生物种类
原标题：对“对全球微生物多样性的低估”的回复
① 本文是Amann等人对Lennon等人“对全球微生物多样性的低估”的评论的回复；② Amann等人认为全球微生物多样性只有几百万，但Lennon等人认为其估计有误，大大低估了全球微生物的多样性；③ Lennon等人提出现有数据库中，根据16s rRNA序列，地球上的微生物已有近千万的物种多样性；④ Amann等人认为，短读长的16s rRNA序列信息不可靠，需要根据长读长且高质量的16s rRNA序列信息才可对物种多样性作出正确的估计。
Title：Reply to “The Underestimation of Global Microbial Diversity”
DOI：10.1128/mBio.01623-16
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1037380480?kf=detail_daily
mBio：6大招，助力生命科学研究质量提升
原标题：提高生命科学研究质量的框架
美国微生物学会在一次专门讨论会上提出要通过六大方面提高生命科学的研究水平：① 设计严谨而全面的标准，对研究的质量进行评价，并对高质量的研究予以奖励；② 有经验的合格科学家对科研者的培训内容、实验方法和分析水平进行科学管理；③ 在论文发表的时间点即提供开放的数据，并成为整个科学界的标准作业程序(SOP)；④ 鼓励期刊发表具好方法和高质量，但只有负面数据的文章；⑤ 设立撤销已发表文章的统一而透明的标准；⑥ 加强科研诚信监督。
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1058058124?kf=detail_da
Nature子刊：不培养微生物，如何观察它们的生长过程？
原标题：在不培养的情况下观察微生物生长过程
① 一种名为BONCAT的新型技术可用于将细菌及古细菌的蛋白质合成过程可视化；② 并可将正在合成蛋白质的细菌及古细菌从复杂的样品中分选出来；③ 在BONCAT技术中，利用可被荧光标记的人工合成的氨基酸作为蛋白质合成的底物；④ 利用此方法可分离出一群难以培养、生产缓慢的甲烷氧化微生物群落，证明了此方法的潜在应用价值。
Title：Microbial ecology: Seeing growth without culture DOI：10.1038/NMICROBIOL.2016.158 Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1058320260?kf=detail_daily
TM：微生物到底是如何入侵新环境的？(综述)
原标题：微生物入侵的过程，模式和机制
① 近期大量文章介绍了微生物对不同环境的入侵；② 这些研究通常只是提供入侵过程的一个快照，而对影响入侵微生物的命运的解释也主要为生物多样性，缺乏比较；③ 我们对入侵过程、各个阶段进行了更广泛研究，同时对微生物入侵的模式、机制、抑制因素和入侵环境和物种的丰度、均度进行了比较分析；④ 我们还搭建了不同环境入侵理论框架，这很利于对微生物入侵的分析。
Title：Microbial invasions: the process, patterns, and mechanisms
DOI：10.1016/j.tim.2015.07.013
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1096068992?kf=detail_daily
TM：如何对微生物分类才靠谱？(综述)
原标题：如何进行更好的微生物分类
① 微生物的名称和种系对我们了解微生物组起重要作用，但随着知识的丰富微生物的分类却不断的在改变；② 虽然大多数的分子和非分子标准正帮助我们验证已有的分类，还是有部分新发现在证明我们之前的分类和命名是有错误的；③ 我们应该如何利用新的数据对现有分类及命名进行调整呢，是否应该建立新的分类标准呢？④ 文中推荐了几种新的分类方式，使大量的分子生物学和基因组数据可以应用于微生物的分类。
Title：Microbial malaise: how can we classify the microbiome?
DOI：10.1016/j.tim.2015.08.009
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1033161612?kf=detail_daily
PNAS：不同文库制备方法对微生物组测序影响巨大
原标题：人类微生物组研究中文库制备方法对基因组和功能属性影响
① 样本量、采集和处理方式的不同都会对微生物组测序分析数据产生影响，测序水平也由较为基础的16S测序，转为对菌群整体的全基因测序（WGS）；② 使用Illumina，KAPA的多个系统对人宏基因组进行定性定量分析，发现不同文库制备方式可以导致结果大大不同；③ 错误偏差、复制率、未读率和物种的G+C水平都会对测序结果造成重大影响，从而影响后续对测序数据的解读；④ 作者建议学界不使用PCR以提高准确度。
Title：Library preparation methodology can influence genomic and functional predictions in human microbiome research
DOI：10.1073/pnas.1519288112
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1053862820?kf=detail_daily
Nature：迄今为止最全的“全球海洋病毒组”数据集
原标题：丰富的全球海洋病毒造成的经济上及潜在的生物地球化学上的影响
① 海洋微生物驱动全球范围内的地球生物化学循环；② 海洋病毒影响了海洋微生物的群落组成、代谢活性及进化轨迹；③ 本研究对浅海及深海病毒的完整基因组及大基因组片段进行组装；④ 并分析“全球海洋病毒组”数据集，以呈现全球范围内丰富的双链DNA病毒的分布图；⑤ 在光合作用带及海洋中层共鉴定出15222个病毒种群，组成了867个病毒集群；⑥ 对4个辅助代谢基因的深入分析揭示了病毒可能直接调节光合作用带中的硫、氮循环。
Title：Ecogenomics and potential biogeochemical impacts of globally abundant ocean viruses
DOI：10.1038/nature19366
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1033194376?kf=detail_daily
Science：30000种海洋微生物的功能和分类
原标题：解耦全球海洋微生物的功能及分类学
① 微生物代谢加强了地球生态系统中的生物地球化学循环；② 不同环境中的微生物分类学组成不同，但分类学上的差异造成的生态学结果尚未明确；③ 分析全球各地海洋微生物在分类学及功能上的群落特征；④ 在将超过30000种海洋微生物进行功能性分类后，将微生物分类学上的差异与功能解耦；⑤ 环境因素显著影响了海洋微生物的功能组分布，但在同一功能组内，环境因素对分类学组成的影响很小。
Title：Decoupling function and taxonomy in the global ocean microbiome
DOI：10.1126/science.aaf4507
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1079300004?kf=detail_daily
Science：全球海洋微生物组（综述）
原标题：全球海洋微生物组
① 40年来对微生物的学习研究已经逐渐揭开了这一世界上最大物种群体的奥秘；② 尽管分布分散、无常，海洋微生物对全球元素的循环起重要作用；③ 我们掌握的大量微生物参与生物地球化学的过程的知识仍然无法对其调控及菌群的相互作用做出完整的解释；④ 对菌群分子交换机制的研究可以为我们提供菌群功能的重要信息，并解释为何菌群无力承受环境改变的原因。
Title：The global ocean microbiome
DOI：10.1126/science.aac8455
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1037347716?kf=detail_daily
TM：研究肠道微生物组，都有哪些新兴技术？(必读综述)
原标题：肠道微生物组研究的新兴技术
① 系统总结90年代以来肠道菌群研究的技术发展历程；② 下一代测序技术：彻底改变了确定微生物种类、它们在健康和疾病中角色的研究方法；③ 新培养技术：许多之前不能培养的微生物现在得以培养，得以洞察群落的动态和网络关系；④ 干细胞和组织工程技术：类器官构建成为现实，助力经济的、高通量的微生物组研究；⑤ 菌群干预技术：益生元、益生菌、噬菌体、粪菌移植等成为塑造微生物群落组成和功能、预治疾病的新工具。
Title：Emerging Technologies for Gut Microbiome Research
DOI：10.1016/j.tim.2016.06.008
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1091619724?kf=detail_daily
Nature子刊：微生物组分析的过去、现在和未来
原标题：微生物组分析的过去、现在和未来
① 十年来，测序和质谱技术促进了更快和更大信息量的宏基因组、宏转录组、宏蛋白质组和宏代谢组测量；② 新技术使得人类可以依靠更多非培养方法研究复杂微生物组和功能；③ 这篇文章综述了环境和人体微生物组多组学分析的主要进展，并探讨解决现有测量方法短板所需要的技术发展；④ 主要内容：测序技术，单分子测序技术，复杂微生物组测序，宏转录组，基于质谱分析的宏蛋白质组和宏代谢组测量分析，现有技术局限性和未来的方向。
Title：The past, present and future of microbiome analyses
DOI：10.1038/nprot.2016.148
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1037380488?kf=detail_daily
YJBM：微生物组特刊序言
原标题：微生物组
① 诺贝尔奖得主乔舒亚·莱德伯格博士用“微生物组（microbiome）”来描述人体内的共生微生物组构成的生态系统；② 微生物组中包含的共生微生物中可能含有潜在的病原体微生物；③ 微生物组不仅在人体内存在，其它动物甚至植物中也发现了共生微生物；④ 在YJBM杂志的本期特刊中，介绍了各种有关微生物组的研究；⑤ 包括人体不同部位的微生物组组成、对病毒微生物组的关注、微生物组研究的相关技术、微生物组研究面临的伦理挑战等。 #YJBM人体菌群特刊#
Title：Microbiome
DOI：10.110/wrong.161017.003
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1053903624?kf=detail_daily
YJBM：已知可分类的人体病毒组（综述）
原标题：人体病毒组的生态学模式对现有病毒进行分类并对未来研究提供帮助
① 测序技术的发展为鉴定人体病毒组提供了帮助；② 尽管测序技术能够进行病毒的分类学鉴定，但无法提供病毒与宿主互作的信息；③ 之后的研究将主要关注病毒-宿主互作的类型；④ 本文介绍了人体病毒组中的所有可根据生态学原理进行分类的成员。 #YJBM人体菌群特刊#
Title：An Ecological Framework of the Human Virome Provides Classification of Current Knowledge and Identifies Areas of Forthcoming Discovery
DOI：10.110/wrong.161017.001
Pasted from: http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1054157568?kf=detail_daily