沈梦圆的博客 怕什么真理无穷, 进一寸有一寸的欢喜。

anaconda的下载、安装及使用

2016-11-02

第一次使用conada是九月份,那是看了一个公众号的推荐帖子,那时我尝试安装了miniconda,使用和安装软件都非常简单,那会安装的使miniconda,里面的软件相对少些,试用的时候觉得下载速度不行,就没一直用了。今天在学习的过程中用anaconda安装了几个软件,感觉还可以。

对于生物专业的人来说,学习生物信息,第一个门槛应该就是Linux,而Linux中最容易出错的就是软件安装了。尤其是不能联网、没有root权限的苦逼状态下。conda像windows下的软件管家、Mac下的APP Store一样,一键安装生信软件。

安装和使用

anaconda官网:https://www.continuum.io/downloads#linux 1

  • 安装ETE ETE官网:http://etetoolkit.org/download/
# Install Minconda  (you can ignore this step if you already have Anaconda/Miniconda)
wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda2-4.2.0-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda2-4.2.0-Linux-x86_64.sh
# 将~/anaconda/bin添加到环境变量中
# Install ETE
conda install -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps
# Check installation
ete3 version
ete3 build check

# 遇到的问题及解决办法:
# 显示conda error: could not found url
find . -name ".condarc"
vi .condarc # 将里面的内容都删了(是不是太粗暴了,呵呵)。
  • 安装QIIME
    conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda
    source activate qiime1
    print_qiime_config.py -t
    source activate qiime1
    source deactivate
    conda remove --name qiime1 --all
    

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